Um dos problemas no uso da Osmose inversa é a presença de certas substâncias na água de alimentação do processo que, sem a devida atenção, podem diminuir a produtividade, diminuindo o fluxo da água produzida, ou tornar o produto mais concentrado em sais, até torna-la impropria para consumo. A pressão de operação tende também a aumentar gradativamente, para superar a diminuição de área útil de permeação da membrana. Por isso, os fabricantes de membranas disponibilizam produtos químicos para limpar as membranas periodicamente, os quais promovem a dissolução dos incrustantes na superfície da membrana . O pré-tratamento em um sistema de membranas não é tudo. Um programa de limpeza química integraliza a operação do sistema. As impurezas (fouling) ocorrem lentamente, tornando-as imperceptível ao desempenho do sistema. O fato de vários tipos de minúsculas incrustações se depositarem em função do tempo leva a uma degradação e uma diminuição do desempenho da membrana. Eventualmente, a remoção destas impurezas se torna irreversível levando a substituição dos elementos de membrana. Os problemas de incrustação podem surgir em função de vários tipos de problemas, mecânicos ou químicos. Quando uma membrana diminui seu desempenho, é importante procurar identificar a origem da causa do problema, antes de tomar qualquer iniciativa precipitada. As técnicas mecânicas de remoção de impurezas de membranas se resumem em vários tipos de ações como; flushing com alta velocidade, limpeza com esponja (depende do tipo de membrana), jato de ar, etc. Um sistema de membrana pode operar a constante pressão com declínio no fluxo ou vice-versa. A técnica do flushing com alta velocidade ajuda parcialmente manter o sistema sob as condições pré-estabelecidas. Quando isso não funciona ao contento, tem-se que partir para remoção química, a qual se usa reagente químico com uma combinação mecânica. Existe um grande número de reagentes químicos disponíveis no mercado para remover incrustações. Os tipos de produtos químicos que podem ser utilizados para limpeza de depósitos de membranas dependem da natureza da membrana, sua resistência ao estresse e a composição do material depositado na superfície da membrana . Os produtos mais comuns utilizados são os seguintes : Acido forte (clorídrico, sulfúrico, fosfórico) e ácidos orgânicos complexantes (cítrico, oxálico, glucínio), são usados para dissolver óxidos metálicos e hidróxidos (ferro, manganês, alumínio) e carbonatos;  Hidróxido de sódio a temperatura ambiente ou aquecido é utilizado para remover matéria orgânica; V Oxidantes (hipoclorito de sódio, peroxido de hidrogênio, ácido pera cético) são usados para oxidar macromoléculas orgânicas; S Surfactantes e detergentes, normalmente são combinados com queloes (como por exemplo: ácido etilenodiaminotetracético), são usados para baixar a tensão superficial com objetivo de formar complexo de metais; Bisulfito de sódio é usado para conservar as membranas contra a formação de bactérias. As membranas se incrustam em função da qualidade da água de alimentação e com o tempo de uso. O sistema de limpeza química deve ser composto das seguintes unidades:

– Um tanque (não metálico) composto de um agitador mecânico e sistema de temperatura controlada para aquecimento da solução de limpeza;

– Uma bomba centrifuga de carcaça não metálica;

– Um rotâmetro;

– Um manômetro;

– Um filtro de acetato de celulose de 5 um (ou similar);

– Um Condutivímetro (de preferência com escala em mg. L)

– Um pHmetro;

– Um termômetro.

Os instrumentos de medidas como Condutivímetro e pHmetro são fundamentais e devem ser calibrados para evitar problemas durante a limpeza química. Não existe um procedimento único para limpeza química. A forma como realiza-la vai depender das condições que se encontra o sistema de dessalinização em termos conservação, qualidade da água de alimentação, o tempo que se encontra funcionando, parado ou quebrado, o tipo de pré-tratamento, etc.  Um prévio conhecimento, através de um diagnóstico completo, incluindo as análises físico-químicas da água de alimentação, permeado e concentrado, do sistema seria muito importante para o grupo responsável pela limpeza química. Com o auxílio do diagnóstico a equipe técnica de manutenção pode determinar a escolha dos materiais e facilidades que devem se encontrar disponíveis durante a limpeza química.