Microalgas são um dos tratamentos para reuso de águas com os quais o LABDES trabalha e pesquisa. A água resultante, após o processo de separação das microalgas, permite a utilização da mesma como água de reuso. Juntamente com a água recuperada porém, existe a produção de uma massa de microalgas, rica em lipídios, que pode ser recuperada para outros processos.
A principal aplicação trabalhada atualmente pelo LABDES envolve a produção de biodiesel. O biodiesel produzido deriva da massa lipídica produzida pelas microalgas, permitindo a execução de uma reação de transesterificação para conversão em biodiesel. O produto resultante se torna biodiesel para utilização em combustíveis, além disso existe a possibilidade de polimerização do biodiesel, resultando na produção de biopolímeros. Estes produtos retornam uma produção de energia partindo de um aprisionamento de carbono presente nos efluentes e na atmosfera, gerado pelas microalgas, resultando num processo verde, resultante do carbono aprisionado pelas próprias microalgas. Desta forma produzindo um combustível verde, ou neste caso sustentável, reduzindo a emissão final de carbono à atmosfera.